BIOMULTIMEDIA & BIOINFORMATIQUE
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bioinformatique : liens
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Portails | Alignements | Analyses nucleiques | Analyses proteiques | Banques ADN | Banques ARN
Banques génomiques | Bibliographie| Outils PCR | Taxonomie | Vecteurs de clonage

 

PORTAILS BIOINFORMATIQUES

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Publications scientifiques, recherche de séquences (PubMed, Blast, Orfinder, Taxbrowser...).
 
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Outils d’alignement et d’analyses phylogénétiques (Align, ClustalW, Fasta).
 
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Voies métaboliques, répertoire des gènes et des biomolécules (Pathway, Genes, Ligand).
 
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Informations complètes sur les protéines et les enzymes (Swiss-Prot, Enzyme).
 
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Infobiogen (Fermé le 15 juillet 2006) !
 
Portail français de la bioinformatique (documentation, outils en ligne, adresses, deambulum).
 
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Annuaire bioinformatique de l'Institut Pasteur.
 
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Outils bioinformatiques de l'Université du Massachusetts.
 
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Catalogue des outils bioinformatiques.

 

ALIGNEMENTS

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Réalisation d'un dotplot simple.
 
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Réalisation d'un dotplot (nécessite le module Java).
 
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Réalisation d'un dotplot (nécessite le module Java).
 
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Alignement global avec needle.
 
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Alignement global.
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Alignement local avec blast (banques interrogées : Genbank, EMBL, DDBJ, PDB).
 
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Alignement local avec FASTA. Plus sélectif que Blast, mais moins rapide.
 
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Alignement local entre deux séquences. Compare deux séquences nucléotidiques ou protéiques et détermine les segments ayant les meilleurs scores.
 
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Réalise un alignement multiple et présente les résultats sous forme de séquences colorées avec détermination d'une séquence consensus.
 
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Construction des arbres phylogénétiques.
 
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Alignement multiple et construction des arbres phylogénétiques.
 
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Réalise un alignement multiple et détermine une séquence consensus. Il présente également les séquences alignées sous différents formats (ClustalW, Phylip...).

 

ANALYSES NUCLEIQUES

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Réalisation d'une séquence logo.
 
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Conversion de format de fichiers.
 
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Détermination de la composition en bases et du taux de GC.
 
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Statistiques d'usage des codons d'une séquence.
 
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Recherche des ilôts CpG.
 
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Traduction dans les 6 phases de lecture et recherche des ORF ("Open Reading Frame").
 
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Etablissement de la carte de restriction d’une séquence avec choix des enzymes.
 
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Prédiction de gènes eucaryotes et procaryotes.
 
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Détection de contamination par des fragments de vecteurs de clonage.
 
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Outils d'analyse pour ARN.

 

ANALYSES PROTEIQUES

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Analyses de la séquence primaire d'acides aminés (composition, PM, pI...).
 
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Prédiction des structures secondaires.
 
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Prédiction des régions et des hélices transmembranaires.
 
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Prédiction de peptide signal.
 
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Banque de motifs.
 
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Modélisation 3D.

 

BANQUES PROTEIQUES

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Consortium regroupant Swiss-Prot-TrEMBL-PIR.
 
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Banque développée par l'Institut Suisse de Bioinformatique. Elle rassemble des séquences protéiques déterminées par séquençage direct et des séquences déduites à partir des séquences codantes provenant de l'EMBL : TrEMBL (TRanslation of EMBL).
Système d'interrogation : par mots clés et numéro d'accession.

 
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Séquences déduites à partir des séquences codantes des banques nucléotidiques EMBL/GenBank/DDBJ.
 
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Séquences protéiques et outils d’analyses.
 
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Structure 3D des protéines. Fichiers PDB téléchargeables ou visualisables en ligne.

 

BANQUES ADN

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Banque nucléique américaine. Format de fichier spécifique. Système d'interrogation : Entrez.
 
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Banque nucléique européenne. Format de fichier spécifique. Système d'interrogation : SRS.

 
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Banque nucléique japonaise. Même format que Genbank. Système d'interrogation : SRS.
 
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Banque de structures tridimensionnelles des acides nucléiques.

 


BANQUES ARN

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The European Ribosomal RNA database

 
Séquences et structures des ARNr.
 
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Base de données des structures 3D d'ARN.
 
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Site Bioweb Pasteur.
 
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Compilation de liens.

 


BANQUES GENOMIQUES

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Base de données des gènes et leur localisation chromosomique.
 
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Génomes complets.
 
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Projet d'annotation des génomes eucaryotes.
 
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Banque d'informations sur les maladies génétiques chez l’Homme. Banque nucléique américaine.
 
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Banque d'informations sur les maladies rares et les médicaments orphelins.

 
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Base de données des gènes humains.
 
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GENATLAS Database

 
Atlas des gènes humains.
 
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Base de données des gènes humains et leur nomenclature.

 

BIBLIOGRAPHIE

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PubMed

 
PubMed - Medline Publications dans le domaine des sciences de la vie.
 
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Publications scientifiques avec Google. Très puissant.
 
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Service du CNRS. Recherche d'articles, thèses…

 

TAXONOMIE

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Explorateur taxonomique du NCBI.
 
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The Tree of Life Web project

 
Arbre phylogénétique et classification des espèces. Des informations sur l'évolution et les caractéristiques des organismes.


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Nomenclature bactérienne.
 
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Développée par le Comité international de taxonomie des virus (International Committee on Taxonomy of Viruses).
A voir le poster des virus : Virosphère.

 

OUTILS PCR

url_bioinfo Primer3 (bioTools) ou Primer3 (Whitehead Institute)
  Design et optimisation des amorces.
 
url_bioinfo PrimerQuest
  Design et optimisation des amorces.
 
url_bioinfo FastPCR
  Design et optimisation des amorces (logiciel téléchargeable).
 
url_bioinfo PerlPrimer
  Design et optimisation des amorces (logiciel téléchargeable).
 
url_bioinfo Oligocalc ou TmPred ou Promega ou Netprimer
  Détermination de la Tm des amorces y compris la méthode thermodynamique.

 


VECTEURS DE CLONAGE

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Base de données des vecteurs (plasmide, phage, cosmide, YAC, BAC...).
 
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Promega propose une collection de tous les vecteurs de clonage avec séquence et représentation graphique.